В настоящее время в Аквариуме работают 5 залов:
- В первом зале демонстрируются характерные представители коралловых рифов. Небольшие размеры выставленных здесь аквариумов, позволяют посетителям подробно рассмотреть мелких рыб, креветок и беспозвоночных.
- Второй зал представляет 2 самостоятельные секции: черноморскую и тропическую. Здесь построены 12 пристенных бассейнов объемом до 7 кубических метров каждый и круглый бассейн диаметром 9 метров, глубиной 2,5 метра. Каждый аквариум тропической секции имеет самостоятельную (отдельную) замкнутую систему для подготовки и очистки воды. Такие системы позволяют содержать в искусственных условиях даже тропических акул.
- В третьем зале музея собрана большая коллекция тропических рептилий: морских и пресноводных черепах - обитателей Индийского и Атлантического океанов. В этом же зале "проживает" любимец детей - очковый кайман.
- В четвёртом зале обитают представители пресноводных и рептилий. Здесь же находится очень интересный аквариум с оранжереей, имитирующей развалины древнего Камбоджийского храма.
- В пятом зале обитают представители Мирового океана, представляющие зачастую смертельную опасность. Черноплавничные акулы, электрические рыбы (скаты и угорь), рыба - камень или бородавчатка, ядовитая рыба фугу и многие другие, не менее "знаменитые" обитатели морей и рек.
В аквариумах созданы искусственные декорации, воспроизводящие ландшафт кораллового рифа. Декорации выполнены по оригинальным эскизам из акрилового пластика. Примененный материал прочен, нетоксичен и совершенно безопасен для живых обитателей аквариумов. Прихотливые тропические рыбы и беспозвоночные прекрасно чувствуют себя среди искусственных скал и кораллов.
В 1999 году было реконструировано помещение старого Аквариума. В нем разместилась новая экспозиция экзотических пресноводных рыб Южной Америки и Африки. Роскошные 1,5-метровые арапаимы, огромные паку и оринокские сомы, арованы и пресноводные скаты - вот главные обитатели этого зала. Здесь в аквариумах также установлены системы очистки воды замкнутого цикла и декорации из акрилового пластика. Декорации воспроизводят характерный вид мест обитания представленных рыб.
В 2013 году во Дню ВМФ был открыт новый 5 зал, специально созданный для содержания опасных морских и пресноводных обитателей. В этом зале размещен большой морской аквариум на 40 т для содержания акул, 15-тонный акварниум для мурен и другие аквариумы для более мелких рыб и беспозвоночных.
Для содержания экзотических рептилий построены удобные обогреваемые террариумы. Декорации здесь выполнены по оригинальным эскизам из армированного бетона. Этот материал позволяет создать совершенные имитации скальных пород, дерева и др. практически любых размеров. Бетонные конструкции защищаются и гидроизолируются с помощью современных материалов. После окончательной окраски декорации приобретают вид естественных природных уголков. Все работы по созданию систем водоподготовки, освещения и декорированию экспозиции выполнены сотрудниками Севастопольского Аквариума.
