Здесь же кроме подземного завода были построены и штольни-хранилища топлива и ядерных боеприпасов (Объект 820). Это был первый и тогда единственный в стране подземный комплекс по ремонту и укрытию подводных лодок.

Искусственное "гнездо" для подводных лодок, помимо укрытий для семи лодок, имело вырубленный в скальном грунте подземный сухой док, где производился их капитальный ремонт. Из Балаклавской бухты подводная лодка своим ходом заходила в канал и далее с помощью специальной системы тросов и лебедок перемещалась по полукилометровой штольне. 

Завод строился в противоатомном отношении первой категории защиты, имел подземный сухой док длиной 70 м, шириной - 10 м и глубиной - 7,5 м, а также большие производственные площади. Наибольший диаметр штольни достигал 22 м. Со стороны бухты вход в штольню перекрывался многотонным плавучим батопортом, который поддували воздухом, и он всплывал. Выход из подземного комплекса в открытое море также перегораживался батопортом, который отводился в сторону, выпуская субмарины. Вход в подземный комплекс со стороны Балаклавской бухты был хорошо замаскирован. Таким образом комплекс был полностью изолирован от внешней среды. Его защита позволяла выдержать прямое попадание атомной бомбы мощностью до 100 килотонн. Максимальная высота внутренней полости комплекса достигала высоты трехэтажного дома.

Южнее, рядом с подземным каналом, был построен спецсклад - хранилище для ядерных боеприпасов, а в северной части защищенное хранилище для топлива. Подземный склад для топлива был построен в виде подземных вертикальных емкостей и позволял хранить до 4 тыс. тонн нефтепродуктов. Под защитой многометровой толщи скального грунта из хранилища по узкоколейной дороге подвозили и загружали у подземного причала продовольствие, запасные части, торпеды, артиллерийский боеприпас и другие необходимые грузы. Здесь же разместилась мастерская по профилактическому осмотру и ремонту узлов и деталей кораблей. Западный выход из канала закрывался специальным сооружением, состоящим из сборных железобетонных плит 2-метровой ширины, 10-метровой длины и 7-метровой высоты.

Однако со временем, несмотря на всю свою уникальность и мощность, подземный завод в Балаклаве начал терять стратегическую значимость. Связано это было с переходом Военно-морского флота СССР на лодки других классов. Поэтому в 1994 г. подземный комплекс был выведен из эксплуатации. В 1995 г. из Балаклавской бухты была выведена последняя подводная лодка ЧФ, и завод полностью перешел под юрисдикцию Украины.